[TIGR]에서 운영하는 EstClustering BiologicalDatabase

http://www.tigr.org/tdb/tgi/

TigrGeneIndices uses assembly [Algorithm]s, rather than [Clustering], to produce tentative consensus(TC) sequences that represent the underlying m[RNA] transcripts.

It's buliding method tightly groups highly related sequences and discard under-represented, divergent, or noisy sequences.

특징

• 관련된 [Gene]들을 분리시켜서 EstClustering한다.

• RnaSplicing variants들을 다른 cluster로 분리한다.

• low level of contamination

TC 서열들은 GenomeAnnotation, PhysicalMap, Identification of [Ortholog]/[Paralog] [Gene]s 에 활용된다.

이곳의 [Gene] building방법은

1. MegaBlast

2. [CAP3]

3. ParacelTranscriptAssembler

4. DnaProteinSearchProgram

에 의하며, [ORF] annotation에는 다음이 쓰였다.

1. EstScan

2. DianaEst

3. FrameFinder

[Genome] mapping에는 다음이 쓰였다.

1. [Blest]
2. [Scout]
3. [Gap2]

ExpressionProfile 분석은 [R]이 쓰였으며, unique oligomer들은 OligoPicker로 만들어졌다.

관련스크립트

• [TcGo.py] : TC서열들의 [GO] annotation [Parsing]

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