[EST] [Clustering] (일종의 FragmentAssembly)

[EST]서열의 LargeScaleSequencing할때 중간에 해야하는 과정중 하나.

c[DNA] library에서 랜덤하게 추출된 각각의 [EST]서열은 하나의 [Gene]혹은 여러개의 다양한 m[RNA]로 부터 만들어진다. 따라서, 여러개의 consensus한 부분들을 하나로 묶는 과정이 필요하다.

프로그램적으로, clustering 단계와 assembly 단계로 나뉘어진다. 따로 하는 이유는 메모리상 효율을 위해.

1. clustering : MegaBlast, D2Cluster 등의 프로그램으로 유사한 서열들 모으기.

2. assembly : [Phrap], [CAP3]등으로 모아진 서열들 조립하기

이 과정은 생물정보학적으로 다음의 해결해야할 과제들이 있다.

1. 모든 [EST] pairs간에 대해 PairwiseAlignment 를 수행하므로 인한 TimeComplexity

2. 소스의 다양성에서 오는 차이점들에 의한 [SNP]및 AlternativeSplicing에 대한 고려

3. LargeScaleSequencing의 높은 에러율 및 insertions, deletions

4. vector 및 linker sequences 에 의한 오염
5. [Genome] project보다 낮은 overlapping에 의한 degree of identify

Different clustering/assembly precedures have been proposed with associated resulting [Database]

• UniGene

• TigrGeneIndices

• [STACK]

• TrEst

관련정보

• [EBI]의 교육자료

• EST서열의 생물학적기능분류

• [ECGene]

• ExpressionProfileByEstClustering