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관련자료 * [[http://hongiiv.tistory.com/701|Galaxy를 활용한 NGS분석]] == SNP calling 직접해보기 == raw 데이터를 모두 다운로드 받는데만 7T의 공간이 필요하다. 몇명의 bem 파일만 받아 이를 가지고 SNP 찾기. 전체 과정은 1. bem 데이터를 Shared libraries 에 등록 1. history를 만들고 bem 파일 로딩 1. flatstat 으로 bem 파일 통계 보기 1. pileup 하기 관련로그 1. [[SAMtools]] 0.1.18은 pileup 대신 mpileup 명령을 사용하며, 조금 다르다. 아직 galaxy tool이 만들어지지 않은 상태. samtools를 0.1.16으로 다운그레이드 |
관련자료
SNP calling 직접해보기
raw 데이터를 모두 다운로드 받는데만 7T의 공간이 필요하다. 몇명의 bem 파일만 받아 이를 가지고 SNP 찾기. 전체 과정은
- bem 데이터를 Shared libraries 에 등록
- history를 만들고 bem 파일 로딩
- flatstat 으로 bem 파일 통계 보기
- pileup 하기
관련로그
SAMtools 0.1.18은 pileup 대신 mpileup 명령을 사용하며, 조금 다르다. 아직 galaxy tool이 만들어지지 않은 상태. samtools를 0.1.16으로 다운그레이드