TwoDiPage에서 pI, MW값 계산하기

Size marker들의 (MW, RM), pI marker들의 (pI, 위치)의 자료값을 이용하여 RegressionAnalysis나 보간법을 사용하여 함수를 유도한다. 여기서 유도된 pI, mw함수에 spot위치를 넣어서 실험적 pI, mw값을 알수 있다.

== Molecular Weight ==

2D gel의 SDS-PAGE에서는 mw size marker를 사용하고 size marker의 위치는 relative mobility(RM)로 계산된다. 

{{{
                           well로부터 marker까지의 길이
relative mobility  =  -------------------------
                          well로부터 dye front까지의 길이
}}}

분자량 도출을 위해 사용하는 RegressionAnalysis 모델은 다음과 같다. y는 분자량, x는 relative mobility

 * Quadratic (15% gel에 가장 적절)
{{{#!latex
$$ \log(y) = a + bx + cx^2 $$
}}}

 * Cubic (Unknown MW산출에 효과적)
{{{#!latex
$$ \log(y) = a + bx + cx^2 + dx^3 $$
}}}

 * Log Linear
{{{#!latex
$$ \log(y) = a + bx $$
}}}

 * Log-Log (12.5% gel에 가장 적절)
{{{#!latex
$$ \log(y) = a + b \log x + c log(x^2) $$
}}}

 * SLIC (gradient gel에 가장 적절)
{{{#!latex
$$ \log(\ln(y)) = a + b\ln(-\ln(x)) $$
}}}
== pI ==

IsoelectricFocusing에서의 pI marker의 위치는 절대위치로 SimpleRegressionAnalysis를 사용하여 시료의 pI을 도출한다.

{{{#!latex
$$ y = a + bx $$ 
}}}

상용 pI gel strip을 사용할 경우 이미 길이와 pI range가 결정되어 있다.

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[[Python]]소스 : [[CalculatePiMwInTwoDiPage.py]]